Contexte du recrutement et définition de poste :

Titre du projet de thèse :

Évaluation du rôle de réservoir pour les parasites gastro-intestinaux résistants aux antiparasitaires des populations d’animaux sauvages pour les animaux domestiques : exemple du bouquetin et du mouton dans les Alpes.

Description du projet de thèse de doctorat

Problématique :

Alors que les populations d’ongulés sauvages augmentent fortement en densité et en diversité d’espèces sur notre territoire depuis plusieurs dizaines d’années, le partage des pâtures et les échanges de parasites entre ongulés domestiques et sauvages sont désormais courants. Cependant, nos connaissances sur la circulation des parasites, notamment de parasites résistants aux traitements antiparasitaires, à l’interface faune sauvage – animaux domestiques restent limitées. Des études ont cependant montré la présence d’Haemonchus contortus (nématode gastro-intestinal ─ NGI ─ pathogène des petits ruminants) résistants chez des chevreuils, mais aussi que des infestations croisées de ces parasites résistants entre espèces sauvages et domestiques sont possibles.

Ces études se sont cependant focalisées sur le parasite généraliste H. contortus, sur une seule des mutations liées à la résistance aux benzimidazoles (BDZ ; une famille d’antiparasitaires), et sur 1 à 2 espèces de cervidés (cerfs et chevreuils). L’utilisation de méthodes d’analyses récentes, comme celles basées sur le séquençage haut-débit, permet d’avoir accès à une grande quantité d’informations précises sur une taille d’échantillon très importante (plusieurs centaines à milliers de parasites par échantillon) pour identifier et quantifier l’ensemble des espèces de NGI (némabiome) et d’évaluer la proportion de souches résistantes aux BDZ chez chacune des espèces de NGI.

Objectifs :

Nos travaux ont montré l’influence des moutons domestiques sur les populations parasitaires de chevreuils et de bouquetins libres, avec notamment l’observation de parasites pathogènes (e.g. H. contortus), ainsi que de parasites résistants aux BDZ en proportion comparable chez ces deux espèces sauvages à ce qui est observé chez les moutons avec qui ils partagent les pâtures. Ces études sont cependant ponctuelles, faisant état d’une situation à un instant donné, sans pour autant comprendre les rôles respectifs des différents acteurs (animaux domestiques, animaux sauvages, environnement, pratiques d’élevage et de contrôle du parasitisme par l’éleveur) sur la dynamique des populations de parasites et les échanges entre espèces hôtes, notamment en ce qui concerne les parasites résistants. Le travail de thèse que nous proposons visera à combler ces manques en étudiant la dynamique des parasites entre faune sauvage et faune domestique, avec le bouquetin des alpes et le mouton domestique comme modèles d’étude.

Approche :

Nous envisageons en particulier d’échantillonner plusieurs sites et à plusieurs moments de l’année et de réaliser des analyses génétiques sur les parasites afin (1) d’évaluer la dynamique spatiale et temporelle des niveaux d’excrétion en œufs de parasites, des différentes espèces de parasites, et de l’abondance des souches de parasites résistants, chez les bouquetins et les moutons ; et (2) d’étudier les flux de parasites entre les ongulés domestiques et sauvages, par une approche de génomique des populations de parasites à fine échelle. (3) Les données déjà disponibles (ex : données d’utilisation de l’habitat des moutons et bouquetins par suivi GPS) et celles obtenues au cours de la thèse, seront utilisées pour développer un modèle mathématique individu-centré de transmission de parasites entre espèces pour comprendre le rôle respectif des ongulés domestiques et sauvages dans la dynamique des parasites résistants.

L’échantillonnage va débuter dès ce printemps ce qui permettra d’avoir des données dès le début du contrat de thèse du/de la futur(e) étudiant(e). Outre l’importance en soi de la compréhension de l’épidémiologie du parasitisme pour la santé des élevages et de la faune sauvage, le caractère cosmopolite et la diversité biologique des parasites en font d’excellents modèle pour étudier la dynamique d’autres agents pathogènes (ex : virus, bactéries avec des modes de transmission similaires) à l’interface entre 2 espèces hôtes.

Direction : Glenn Yannic (LECA, Université Savoie Mont Blanc, Le Bourget du Lac), Gilles Bourgoin (VetAgro Sup, Unviversité Lyon 1, Lyon) Thibaud Porphyre (VetAgro Sup, Unviversité Lyon 1, Lyon)

Collaborateurs : Office Français de la Biodiversité, Parc National de la Vanoise, Parc National des Écrins, École Nationale Vétérinaire de Toulouse.

Début : 1er Octobre 2024.

Financement : ½ bourse de thèse déjà acquise (VetAgroSup), ½ en cours d’acquisition. Fonctionnement de la thèse financé (terrain, analyses…)

Profil recherché :

Compétences recherchées :

• Master en écologie-évolution, biologie, ou discipline connexe
• Motivation, curiosité, enthousiasme;
• Rigueur, esprit d’équipe et aptitudes pour la communication orale et écrite;
• Posséder des aptitudes et de l’intérêt pour l’analyse statistique de bases de données volumineuses et pour l’utilisation de logiciels de programmation (R) et/ou de logiciels dédiés de façon automne ;
• Être rigoureux, autonome et avoir des aptitudes pour l’écriture scientifique ;

Pour poser votre candidature, veuillez faire parvenir avant le 31/05/2024 une lettre de présentation expliquant brièvement vos intérêts, un CV et une copie de vos relevés de notes universitaires, accompagnés des coordonnées de personnes de référence à :

Glenn Yannic, Laboratoire d’Écologie Alpine, Université Savoie Mont Blanc, Chambéry, France - glenn.yannic@univ-smb.fr

et

Gilles Bourgoin, VetAgro Sup, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive Université Lyon 1, Lyon, France – gilles.bourgoin@vetagro-sup.fr

Publications pertinentes de l'équipe:

Beaumelle C, Toïgo C, Papet R, Benabed S, Beurier M, Bordes L, Brignone A, Curt-Grand-Gaudin N,  Garel M, Ginot J, Jacquiet P, Miquel C, Poirel M-T, Serafino A, Vannard E, Bourgoin G, Yannic G. 2023. Cross-transmission of resistant gastrointestinal nematodes between wildlife and transhumant sheep. BioRxiv doi: 2023.07.21.550073

Beaumelle C, Redman L, Verheyden H, Jacquiet P, Bégoc N, Veyssière F, Benabed S, Cargnelutti B, Lourtet B, Poirel M-T, de Rijke J, Yannic G, Gilleard JS, Bourgoin G. 2022. Generalist nematodes dominate the nemabiome of roe deer in sympatry with sheep at regional level. International Journal for Parasitology 52(12):  751-761

Beaumelle C, Redman L, de Rijke J, Wit J, Benabed S, Debias F, Pardonnet S, Poirel M-T, Capron G, Chabot S, Rey B, Yannic G, Gilleard J, Bourgoin G. 2021. Metabarcoding in two isolated populations of wild roe deer (Capreolus capreolus) reveals variation in gastrointestinal nematode community composition between regions and among age classes. Parasites & Vectors 14, 594. https://doi.org/10.1186/s13071-021-05087-5