Contexte du recrutement et définition de poste :

Contexte du stage

Les activités humaines à travers leurs effets sur la qualité et la fragmentation des habitats ont profondément influencé la biodiversité. La réponse des assemblages d’espèces aux modifications environnementales s’exprime avec un certain décalage temporel, notamment pour les groupes taxonomiques avec une dispersion limitée, en raison du temps nécessaire aux événements de dispersion. Le concept de diversité sombre (dark diversity) a récemment émergé afin de fournir un cadre permettant de prendre en compte la diversité potentielle — c’est-à-dire les espèces qui devraient être présentes dans une communauté locale donnée, mais qui n’ont pas été recensées lors des inventaires — pour mieux comprendre la réponse des communautés aux changements environnementaux. Ce concept a été développé chez les plantes, mais a encore été peu transposé à d’autres groupes taxonomiques.

Comme toutes les espèces végétales, les plantes cultivées sont associées à une grande diversité de micro-organismes qui assurent des fonctions écologiques essentielles liées à la nutrition, à la résistance aux stress environnementaux et aux mécanismes de défense contre les agents pathogènes. Comprendre les facteurs qui déterminent la composition du microbiote de ces plantes cultivées constitue donc un enjeu majeur pour favoriser la production et la santé des plantes. De nombreuses études ont examiné l’effet des facteurs environnementaux locaux sur les micro-organismes associés aux plantes, mettant en évidence l’importance de la qualité des sols, de la disponibilité en eau, mais aussi des filtres biotiques tels que l’identité de l’hôte ou les interactions entre micro-organismes. Cependant, de nombreuses questions restent en suspens concernant l’importance du filtre de dispersion – conditionnant la colonisation des parcelles par les microorganismes – dans la structuration de ces assemblages.

Objectifs

Ce stage a pour objectif d’analyser l’intensité du filtre de dispersion sur les assemblages microbiens associés aux plantes, en utilisant le concept émergent de diversité sombre. Cette transposition d’un concept essentiellement appliqué aux plantes n’a encore jamais été réalisée chez les micro-organismes. L’étude s’appuiera sur des bases de données existantes portant sur environ 100 parcelles de blé, dans lesquelles des inventaires du microbiote du blé ont été réalisés, et analysera l’intensité du filtre de dispersion à travers les méthodes développées sur l’estimation de la diversité sombre. Nous chercherons aussi à déterminer si le degré de complétude des communautés est lié à la quantité d’habitats semi-naturels présents dans le paysage environnant les parcelles – ces habitats pouvant servir de réservoirs naturels de microorganismes pour les plantes des parcelles cultivées. Ces résultats permettront à terme de fournir de nouveaux leviers en agroécologie visant à mieux mobiliser le compartiment microbien et son rôle clé dans la croissance des plantes et tendre vers des pratiques agricoles plus écologiques. 

Le stage se déroulera au sein de l'UMR ECOBIO Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution (Campus de Beaulieu) pour une durée de 6 mois avec un démarrage prévu entre début janvier et mi-mars.

Il sera rémunéré selon la réglementation en vigueur.

Candidatures à envoyer avant le 6 novembre 2026 à : Peng.he@univ-rennes.fr; cendrine.mony@univ-rennes.fr; philippe.vandenkoornhuyse@univ-rennes.fr

Profil recherché :

Compétences recherchées

Nous cherchons un(e) étudiant(e) intéressé par l’écologie microbienne et l’écologie des communautés. Des compétences en statistiques et une bonne maitrise du logiciel R sont attendues.

Selon les intérêts du stagiaire, le stagiaire H/F pourra être formé en biologie moléculaire ou encore en écologie du paysage (logiciel QGIS). Un des encadrants n’étant pas anglophone, une partie des réunions se déroulera en anglais.