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La FRB a été créée en 2008, à la suite du Grenelle de l’environnement, à l’initiative des ministères chargés de la recherche et de l’écologie, par huit établissements publics de recherche. Ceux-ci ont depuis été rejoints par LVMH, l’Ineris et l’université de Montpellier, ce qui porte à 11 le nombre de membres fondateurs.
La Fondation pour la recherche sur la biodiversité a pour mission de soutenir et d’agir avec la recherche pour accroître et transférer les connaissances sur la biodiversité.