La fédération régionale France Nature Environnement Bourgogne Franche-Comté (FNE-BFC) est affiliée à la fédération nationale France Nature Environnement, dont elle partage entièrement les valeurs. La vision commune qui donne sens à toutes les actions de FNE est celle « d’une humanité vivant en harmonie au sein d’une planète préservée ».